WEKO3
アイテム
Crystal structure and substrate recognition mechanism of Aspergillus oryzae isoprimeverose-producing enzyme
https://repository.naro.go.jp/records/2893
https://repository.naro.go.jp/records/28934e7d9bcf-c0d7-461a-9a7d-2bcb877922fd
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
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SC30201901250001_PrePrint (8.6 MB)
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.png)
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| Item type | 学術雑誌論文 / Journal Article(1) | |||||||||||
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| 公開日 | 2019-10-04 | |||||||||||
| タイトル | ||||||||||||
| タイトル | Crystal structure and substrate recognition mechanism of Aspergillus oryzae isoprimeverose-producing enzyme | |||||||||||
| タイトル | ||||||||||||
| タイトル | Crystal structure and substrate recognition mechanism of Aspergillus oryzae isoprimeverose-producing enzyme | |||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||
| 言語 | ||||||||||||
| 言語 | eng | |||||||||||
| キーワード | ||||||||||||
| 主題Scheme | Other | |||||||||||
| 主題 | Xyloglucan | |||||||||||
| キーワード | ||||||||||||
| 主題Scheme | Other | |||||||||||
| 主題 | Isoprimeverose | |||||||||||
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| 主題Scheme | Other | |||||||||||
| 主題 | Aspergillus oryzae | |||||||||||
| キーワード | ||||||||||||
| 主題Scheme | Other | |||||||||||
| 主題 | Glycoside hydrolase family 3 | |||||||||||
| キーワード | ||||||||||||
| 主題Scheme | Other | |||||||||||
| 主題 | Hemicellulose | |||||||||||
| キーワード | ||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||
| 主題Scheme | Other | |||||||||||
| 主題 | Xyloglucan | |||||||||||
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| 言語 | en | |||||||||||
| 主題Scheme | Other | |||||||||||
| 主題 | Isoprimeverose | |||||||||||
| キーワード | ||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||
| 主題Scheme | Other | |||||||||||
| 主題 | Aspergillus oryzae | |||||||||||
| キーワード | ||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||
| 主題Scheme | Other | |||||||||||
| 主題 | Glycoside hydrolase family 3 | |||||||||||
| キーワード | ||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||
| 主題Scheme | Other | |||||||||||
| 主題 | Hemicellulose | |||||||||||
| 資源タイプ | ||||||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_6501 | |||||||||||
| 資源タイプ | journal article | |||||||||||
| 著者 |
藤本, 瑞
× 藤本, 瑞
WEKO
2387
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| 抄録 | ||||||||||||
| 内容記述タイプ | Abstract | |||||||||||
| 内容記述 | Isoprimeverose-producing enzymes (IPases) release isoprimeverose (α-d-xylopyranosyl-(1 → 6)-d-glucopyranose) from the non-reducing end of xyloglucan oligosaccharides. Aspergillus oryzae IPase (IpeA) is classified as a member of the glycoside hydrolase family 3 (GH3); however, it has unusual substrate specificity compared with other GH3 enzymes. Xylopyranosyl branching at the non-reducing ends of xyloglucan oligosaccharides is vital for IpeA activity. We solved the crystal structure of IpeA with isoprimeverose at 2.4 Å resolution, showing that the structure of IpeA formed a dimer and was composed of three domains: an N-terminal (β/α)8 TIM-barrel domain, α/β/α sandwich fold domain, and a C-terminal fibronectin-like domain. The catalytic TIM-barrel domain possessed a catalytic nucleophile (Asp300) and acid/base (Glu524) residues. Interestingly, we found that the cavity of the active site of IpeA was larger than that of other GH3 enzymes, and subsite −1′ played an important role in its activity. The glucopyranosyl and xylopyranosyl residues of isoprimeverose were located at subsites −1 and −1′, respectively. Gln58 and Tyr89 contributed to the interaction with the xylopyranosyl residue of isoprimeverose through hydrogen bonding and stacking effects, respectively. Our findings provide new insights into the substrate recognition of GH3 enzymes. | |||||||||||
| 書誌情報 |
Journal of Structural Biology en : Journal of Structural Biology 巻 205, 号 1, p. 84-90, 発行日 2019-01-01 |
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| 出版者 | ||||||||||||
| 出版者 | Elsevier | |||||||||||
| ISSN | ||||||||||||
| 収録物識別子タイプ | ISSN | |||||||||||
| 収録物識別子 | 1047-8477 | |||||||||||
| DOI | ||||||||||||
| 関連タイプ | isVersionOf | |||||||||||
| 識別子タイプ | DOI | |||||||||||
| 関連識別子 | 10.1016/j.jsb.2018.11.005 | |||||||||||
| 権利 | ||||||||||||
| 権利情報 | The Author(s) | |||||||||||
| 情報源 | ||||||||||||
| 関連名称 | SC30201901250001 | |||||||||||
| 情報源 | ||||||||||||
| 関連名称 | NARO成果DBa | |||||||||||
| 情報源 | ||||||||||||
| 関連名称 | author manuscript | |||||||||||
| 情報源 | ||||||||||||
| 関連名称 | このアーカイブは著者版です。出版社版ではありません。引用の際には出版社版をご利用ください。 | |||||||||||
| 情報源 | ||||||||||||
| 関連名称 | This is not the published version. Please cite only the published version. | |||||||||||
| 情報源 | ||||||||||||
| 関連名称 | Green open Access /This journal has an embargo period of 12 months. | |||||||||||
| 関連サイト | ||||||||||||
| 識別子タイプ | DOI | |||||||||||
| 関連識別子 | https://doi.org/10.1016/j.jsb.2018.11.005 | |||||||||||
| 関連名称 | Journal of Structural Biology | |||||||||||
| 著者版フラグ | ||||||||||||
| 出版タイプ | AM | |||||||||||
| 出版タイプResource | http://purl.org/coar/version/c_ab4af688f83e57aa | |||||||||||
