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  3. 学術論文

High-quality genome assembly of the silkworm, Bombyx mori

https://repository.naro.go.jp/records/2870
https://repository.naro.go.jp/records/2870
c9b71bce-9d63-4859-b814-0f07e23b1a14
名前 / ファイル ライセンス アクション
SC30201903050002_OA-a.pdf SC30201903050002_OA (1.6 MB)
license.icon
Item type 学術雑誌論文 / Journal Article(1)
公開日 2019-10-04
タイトル
タイトル High-quality genome assembly of the silkworm, Bombyx mori
タイトル
タイトル High-quality genome assembly of the silkworm, Bombyx mori
言語 en
言語
言語 eng
キーワード
主題Scheme Other
主題 Silkworm (Bombyx mori)
キーワード
主題Scheme Other
主題 Genome assembly
キーワード
主題Scheme Other
主題 Long-read sequencing
キーワード
主題Scheme Other
主題 Gene prediction
キーワード
言語 en
主題Scheme Other
主題 Silkworm (Bombyx mori)
キーワード
言語 en
主題Scheme Other
主題 Genome assembly
キーワード
言語 en
主題Scheme Other
主題 Long-read sequencing
キーワード
言語 en
主題Scheme Other
主題 Gene prediction
資源タイプ
資源タイプ識別子 http://purl.org/coar/resource_type/c_6501
資源タイプ journal article
著者 上樂, 明也

× 上樂, 明也

上樂, 明也

ja-Kana ジョウラク, アキヤ

en JORAKU, Akiya

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横井, 翔

× 横井, 翔

横井, 翔

ja-Kana ヨコイ, カケル

en YOKOI, Kakeru

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山本, 公子

× 山本, 公子

山本, 公子

ja-Kana ヤマモト, キミコ

en YAMAMOTO, Kimiko

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抄録
内容記述タイプ Abstract
内容記述 In 2008, the genome assembly and gene models for the domestic silkworm, Bombyx mori, were published by a Japanese and Chinese collaboration group. However, the genome assembly contains a non-negligible number of misassembled and gap regions due to the presence of many repetitive sequences within the silkworm genome. The erroneous genome assembly occasionally causes incorrect gene prediction. Here we performed hybrid assembly based on 140 × deep sequencing of long (PacBio) and short (Illumina) reads. The remaining gaps in the initial genome assembly were closed using BAC and Fosmid sequences, giving a new total length of 460.3 Mb, with 30 gap regions and an N50 comprising 16.8 Mb in scaffolds and 12.2 Mb in contigs. More RNA-seq and piRNA-seq reads were mapped on the new genome assembly compared with the previous version, indicating that the new genome assembly covers more transcribed regions, including repetitive elements. We performed gene prediction based on the new genome assembly using available mRNA and protein sequence data. The number of gene models was 16,880 with an N50 of 2154 bp. The new gene models reflected more accurate coding sequences and gene sets than old ones. The proportion of repetitive elements was also reestimated using the new genome assembly, and was calculated to be 46.8% in the silkworm genome. The new genome assembly and gene models are provided in SilkBase (http://silkbase.ab.a.u-tokyo.ac.jp).
書誌情報 Insect Biochemistry and Molecular Biology
en : Insect Biochemistry and Molecular Biology

巻 107, p. 53-62, 発行日 2019-04
出版者
出版者 Elsevier
ISSN
収録物識別子タイプ ISSN
収録物識別子 0965-1748
DOI
関連タイプ isIdenticalTo
識別子タイプ DOI
関連識別子 10.1016/j.ibmb.2019.02.002
権利
権利情報 The Author(s)
情報源
関連名称 SC30201903050002
情報源
関連名称 NARO成果DBa
情報源
関連名称 OA
情報源
関連名称 表示-非営利-改変禁止(CC-BY-NC-ND)
関連サイト
識別子タイプ DOI
関連識別子 https://doi.org/10.1016/j.ibmb.2019.02.002
関連名称 Insect Biochemistry and Molecular Biology
著者版フラグ
出版タイプ VoR
出版タイプResource http://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85
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Ver.1 2023-05-15 15:22:55.276815
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JORAKU, Akiya, YOKOI, Kakeru, YAMAMOTO, Kimiko, 2019, High-quality genome assembly of the silkworm, Bombyx mori: Elsevier, 53–62 p.

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