WEKO3
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Species-specific detection of viable Globodera pallida using real-time reverse transcription PCR
https://repository.naro.go.jp/records/2001661
https://repository.naro.go.jp/records/200166111262ffa-8349-43ad-9b5d-a41968356e02
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
|---|---|---|
postprint_10.116315685411-bja10228.pdf (1 MB)
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.png)
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| Item type | 学術雑誌論文 / Journal Article(1) | |||||||||||||||||||||||||
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| 公開日 | 2026-01-09 | |||||||||||||||||||||||||
| タイトル | ||||||||||||||||||||||||||
| タイトル | Species-specific detection of viable Globodera pallida using real-time reverse transcription PCR | |||||||||||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||||||||||
| 言語 | ||||||||||||||||||||||||||
| 言語 | eng | |||||||||||||||||||||||||
| キーワード | ||||||||||||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||||||||||
| 主題Scheme | Other | |||||||||||||||||||||||||
| 主題 | 1, 3-dichloropropene, eradication, intercalator, mRNA, potato cyst nematode, Y45F10D.4 gene | |||||||||||||||||||||||||
| 資源タイプ | ||||||||||||||||||||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_6501 | |||||||||||||||||||||||||
| 資源タイプ | journal article | |||||||||||||||||||||||||
| アクセス権 | ||||||||||||||||||||||||||
| アクセス権 | open access | |||||||||||||||||||||||||
| アクセス権URI | http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 | |||||||||||||||||||||||||
| 著者 |
坂田, 至
× 坂田, 至
× 串田, 篤彦
× TOYOTA, Koki
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| 抄録 | ||||||||||||||||||||||||||
| 内容記述タイプ | Abstract | |||||||||||||||||||||||||
| 内容記述 | Globodera pallida is a major pest of potatoes worldwide. In Japan, aiming at eradication of G. pallida, control measures have been implemented in infested fields. To determine the necessity of control measures, the detection of viable G. pallida is required. However, the conventional inoculation test performed in Japan, named the ‘cup test,’ is time-consuming, and conventional PCR methods targeting DNA can detect dead individuals. In this study, we developed an intercalator-based RT-qPCR method for the rapid detection of viable G. pallida. We designed a primer set for the partial cDNA sequence of the Y45F10D.4 gene of G. pallida. This primer set successfully amplified Y45F10D.4 mRNA of all tested G. pallida populations without any cross-reactions with other species. The RT-qPCR method detected RNA corresponding to a minimum of 3.9 G. pallida eggs, and a significant negative correlation was observed between the concentrations of RNA extracted from viable eggs and the Ct values. In addition, no amplification by RT-qPCR was observed in G. pallida treated with 1, 3-dichloropropene, indicating that this method detected viable G. pallida specifically. We then compared the detection sensitivity between the cup test and RT-qPCR method using 24 soil samples, and the results showed that the detection sensitivity of the RT-qPCR method was higher than that of the cup test. The RT-qPCR method enabled the rapid and reliable detection of viable G. pallida. | |||||||||||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||||||||||
| 内容記述 | ||||||||||||||||||||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||||||||||||||||||||
| 内容記述 | This is a post-peer-review, pre-copyedit version of an article published by Brill in Nematology. The final authenticated version is available online at: https://doi.org/10.1163/15685411-bja10228 |
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| 言語 | en | |||||||||||||||||||||||||
| 内容記述 | ||||||||||||||||||||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||||||||||||||||||||
| 内容記述 | Published: 22 February 2023 | |||||||||||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||||||||||
| 書誌情報 |
en : Nematology 巻 25, 号 4, p. 411-426, 発行日 2023-03 |
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| 出版者 | ||||||||||||||||||||||||||
| 出版者 | Brill | |||||||||||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||||||||||
| ISSN | ||||||||||||||||||||||||||
| 収録物識別子タイプ | EISSN | |||||||||||||||||||||||||
| 収録物識別子 | 1568-5411 | |||||||||||||||||||||||||
| DOI | ||||||||||||||||||||||||||
| 関連タイプ | hasVersion | |||||||||||||||||||||||||
| 識別子タイプ | DOI | |||||||||||||||||||||||||
| 関連識別子 | 10.1163/15685411-bja10228 | |||||||||||||||||||||||||
| 権利 | ||||||||||||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||||||||||
| 権利情報 | Authors (Author's final draft manuscript) | |||||||||||||||||||||||||
| 関連サイト | ||||||||||||||||||||||||||
| 関連タイプ | hasVersion | |||||||||||||||||||||||||
| 識別子タイプ | URI | |||||||||||||||||||||||||
| 関連識別子 | https://doi.org/10.1163/15685411-bja10228 | |||||||||||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||||||||||
| 関連名称 | Publisher's version | |||||||||||||||||||||||||
| 著者版フラグ | ||||||||||||||||||||||||||
| 出版タイプ | AM | |||||||||||||||||||||||||
| 出版タイプResource | http://purl.org/coar/version/c_ab4af688f83e57aa | |||||||||||||||||||||||||
